納期限が過ぎてしまった普通徴収分は、特別徴収に切り替えることができますか

特別徴収に切り替えができるのは、普通徴収の納期限を経過していないもののみに限られます。
このため、納期限を経過しているものについては、従業員の方が普通徴収により自分で納付する必要があります。